公司注册商标申请注册的程序分两步：第一步：查询；第二步：申请注册。
一、 商标查询
商标在先注册权利的查询工作是指商标申请人或代理人在提出申请前，对申请的商标是否与再先权利商标有无相同或近似的查询。遵循自愿查询原则，此项工作可以大大减少商标注册的风险，提高注册的成功率。
商标查询有三种方式：1商标申请人到北京商标局提交查询申请；2、在中国商标网查询；3、委托正规的代理机构查询
二、申请注册
1、 注册方式的选择：目前商标注册有两种途径，一是商标申请人亲自到北京商标局办理；另外就是委托商标局备案的商标代理机构代办，当然这需要缴纳相应的代理费用。
2、提交申请
商标查询通过后，商标申请人需提供相应的资料，公司名义需提供：营业执照复印件、清晰的商标标识；个人名义注册需提供：身份证复印件、个体工商户营业执照复印件、清晰的商标标识

3、审查阶段：形式审查通过 商标局发出受理通知书进入实质审查；
4、注册阶段：实质审查通过 初审公告 注册公告 商标局发出注册证。
商标注册完成根据目前情况整个时间大约需要12--15个月左右
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