(1)引物长度:由于PCR反应的特异性、退火温度以及时间均至少部分与PCR引物长度相关联,因此引物长度是PCR扩增是否成功关键的因素。一般PCR引物长度为15-30核苷酸。
(2)溶解温度(Tm):因加热而断开H键,梯度基因扩增仪,使双链DNA分开或“溶解”为单链DNA。溶解温度(Tm)即指使一半双链DNA变为单链DNA的温度。Tm可采用下列公式计算:Tm=2(A+T) + 4(G+C)。
需注意PCR反应至少有两个(一对)引物,两个寡核苷酸引物Tm 值应比较接近,不可差异过大。因有较高的Tm值的引物在较低的反应温度时可发生错配,基因扩增仪,而引物Tm值较低,反应温度较高时则可能不能发生作用,因此如引物的Tm值差异较大,可导致PCR扩增效率低下甚至扩增失败。
(3)引物序列互补:设计引物时应绝l对没有3个碱基以上的内引物配对,如引物有这样具有自我配对的区域,基因扩增仪,“弹回”即部分双链结构将发生在退火反应时。
(4)3’-末端序列:为控制引物错配,应认真地确定PCR引物中3’末端的位置。
PCR就是利用DNA聚合酶对特定基因做体外或试管内In Vitro的大量合成,基本上它是利用DNA聚合酶进行专一性的连锁复制。PCR仪器温度控制性能的影响因素:
一、PCR仪器之间的差别对实验结果的影响。如前所述,没有任何两台PCR仪器的温度控制是一模一样的。相对于预设的温度模块温度总是偏高或偏低,就是同一模块不同的孔之间,温度有时也会不一样,相差可能达几摄氏度之多。一些PCR仪温度控制性能的不足造成的后果是:当PCR仪的模块温度在升温时,温度过冲或不足,不能准确的达到预设的平台温度。
二、温度控制技术的差别对实验结果的影响。导致PCR仪温度控制性能优劣的因素,首先是温度控制技术。调节PCR仪模块的温度,使其达到并保持在某一温度有很多方式。每一种方式都有优点和缺点。另外,这些技术被运用控制的水平对于温度控制的水准是很重要的,且有很大不同。大多数PCR仪器的温度控制性能是很差的。在单一或多传感器控制机制上的不同显而易见的引起了温度的不均一性。