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紫斑牡丹几乎全部表现出紫斑牡丹的基本特征：植株高大、舒心强、枝条节间距长，高生长量大，部分品种当年生枝条可长至70公分。株高普遍在1米以上（部分品种高达3米），小叶片数目多，武汉紫斑牡丹，一般都在15枚以上，叶片较小（抗蒸腾），叶背多毛，所有品种花瓣基部有明显的大块紫斑和紫红斑。大部分花心及子房为黄白色或白色，部分花心为紫红色。而中原牡丹品种群其原生种来源于安徽等地原产的“凤丹”为母本，中原河南嵩山县的杨山牡丹、山西南部稷山的矮牡丹等品种为父本的杂交后代，普遍表现出矮牡丹的基本特征：植株较矮（一般在一米以下），紫斑牡丹栽掊，树性较弱，枝条节间距短，紫斑牡丹用途，年生长量小。小叶基数为9（部分为11），端小叶3裂，其余小叶多有深缺刻，叶片较大，花心（含柱头、花盘、花丝）多为紫红色。由于这些地区相对海拔较低，气候温和，对寒冷气候适应性不强，年以抗拒零下25℃的低温。因此过去曾流传牡丹不能过关（山海关）的说法。因此从以上两个品种的起源就十分明显的可以看出其原生抗寒性能。

紫斑牡丹抗大气干旱。在年降水量不到300毫米，紫斑牡丹苗木价格，蒸发量却达到1800多毫米的兰州中川机场（即中川牡丹芍药园）所在地区，紫斑牡丹只要在栽植时满足水分要求让其扎根成活后，也能抗旱生长。但如果让其开好花，则每年需浇2～3次水。紫斑牡丹品种间的年生长期只有几天的差别。有学者提出紫斑牡丹比中原牡丹生长期短的观点有误，牡丹的生长期是由无霜期长短决定的，无霜期长，生长期就长，反之则短。如果将中原牡丹栽植到兰州或将紫斑牡丹栽植到中原，两个品种的生长周期在当地就会基本一样。

紫斑牡丹为长日照植物，喜光照，但在潮湿炎热的7～8月，如果气温较长时间保持在30℃以上且通风条件差时会产生枯叶现象。开花时节，过强的光照会缩短花的观赏时间，故而有些珍贵观赏品种在开花时节有搭凉棚遮阴的作法。