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出土子座停止生长后,上端稍膨大成能孕部分,其顶部还有尖帽状的不孕顶端。能孕部分表层嵌生无数半埋在组织中的子囊壳,以致能孕部分表面呈颗粒状粗糙。在显微镜下可以观察到子囊壳呈梨形,壳内有多数子囊,子囊内又有数个长条形的子囊孢子。孢子成熟后破囊从壳口逸出,乘风飞散,随水飘流,遇虫体而再感染,以致冬虫夏草在小环境中的出现常呈带状的集居群。冬虫夏草的菌物复合体中的菌不是一种而是复杂的真菌系,其差异常常取决于地域环境条件和寄主昆虫的种群特性,在自然界不同地区、不同土壤、气候、植被条件下的不同生物种群(寄生和菌系),常常发生特异的寄生、互生或共生关系,形成不同的生态系统。
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